Quá trình thực hiện tự chủ tài chính (TCTC) bệnh viện dù mang lại hiệu quả, góp phần nâng cao chất lượng khám, chữa bệnh ở một số bệnh viện, song quá trình này cũng đã nảy sinh những hạn chế, bất cập. Đáng kể nhất là vấn nạn lạm dụng chụp chiếu, chỉ định xét nghiệm của nhân viên y tế, của các bệnh viện.

Tự chủ tài chính (TCTC) được xem là chính sách “cởi trói” cho các đơn vị y tế công lập thoát khỏi cảnh trông chờ, ỷ lại vào ngân sách nhà nước, từng bước chủ động nâng cao chất lượng khám, chữa bệnh. Tuy nhiên, trong quá trình triển khai thực hiện, các bệnh viện tự chủ đang gặp phải những thách thức không nhỏ.