Trước tình hình chiến tranh lan rộng, chấp hành chỉ thị của Chính phủ, lực lượng Thuế XNK được điều động và chuyển hướng nhiệm vụ tập trung cho công tác tiếp quản. Đây là một công tác hoàn toàn mới và có nhiều khó khăn phức tạp, đòi hỏi ngành Thuế XNK phải có những biện pháp nghiệp vụ và phương thức đấu tranh thích hợp để vừa đấu tranh kinh tế một cách có hiệu quả vừa không để địch lợi dụng, vu cáo Việt Nam vi phạm Hiệp định Giơ ne vơ.

Để ổn định tổ chức, phiên họp thường kỳ tháng 10/1954, Hội đồng Chính phủ đã quyết định chuyển ngành Thuế XNK sang Bộ Công Thương để thành lập ngành Hải quan. Trên tinh thần đó, ngày 15/11/1954 liên Bộ Tài chính- Công Thương có Nghị định số 121/TC-CT-NĐ chuyển ngành Thuế XNK thuộc Bộ Tài chính sang Bộ Công Thương. Ngày 14/12/1954, Bộ trưởng Bộ Công Thương Phan Anh ký Nghị định số 136/BCT/KB/NĐ thành lập Sở Hải quan thuộc Bộ Công Thương là bước đệm quan trọng để Bộ Công Thương gấp rút soạn thảo các văn bản pháp lý cho việc hình thành và xây dựng bộ máy ngành Hải quan. Và ngày 6/4/1955, Phó Thủ tướng Phạm Văn Đồng ký Nghị định số 508-TTg thành lập “Sở Hải quan thuộc Bộ Công Thương”. Sự kiện này đã chính thức hóa về mặt thủ tục hành chính, giao cho hải quan nhiệm vụ “thi hành những luật lệ về quản lý XNK để đảm bảo sự thực hiện chính sách bảo vệ và phát triển sản xuất nội địa, mở rộng giao lưu hàng hóa trong nước với ngoài nước”.

Và để cụ thể hóa nhiệm vụ, ngay trong ngày 6/4/1955, Bộ trưởng Bộ Công Thương ký Nghị định số 73/BCT/NĐ/KB quy định nhiệm vụ, quyền hạn, bộ máy tổ chức của ngành Hải quan. Đây là văn bản quan trọng quy định nhiệm vụ, quyền hạn, bộ máy tổ chức của ngành Hải quan. Việc Sở Hải quan Trung ương ra đời đã thay đổi căn bản về cơ cấu tổ chức và hoạt động của hải quan từ thời chiến sang thời bình, đáp ứng yêu cầu và nhiệm vụ mới. Cũng từ đây, thuật ngữ “Hải quan” được sử dụng chính thức trong các văn bản của Nhà nước từ đó đến nay.

Thời điểm này, xuất phát từ phương hướng nhiệm vụ chung của ngành Ngoại thương, ngành Hải quan cũng phải có những sự chuyển đổi cho phù hợp với những yêu cầu đó.

Sau khi miền Bắc được hoàn toàn giải phóng, 5 năm vừa khôi phục vừa phát triển kinh tế (1955-1960), Nhà nước đã hoàn toàn nắm giữ các hoạt động ngoại thương. Do yêu cầu thành lập thêm các bộ, cơ quan ngang bộ để tăng cường hiệu quả công tác chỉ đạo của Chính phủ, Bộ Công Thương được chia tác thành Bộ Công nghiệp và Bộ Thương nghiệp. Sau đó Bộ Thương nghiệp được tách thành Bộ Nội thương và Bộ Ngoại thương. Ngành Hải quan cũng được chuyển giao trực thuộc Bộ Ngoại thương và trong tình hình mới đòi hỏi công tác hải quan cũng phải có nhiều cơ chế và chính sách phù hợp.

Từ năm 1958, hoạt động ngoại thương của nước ta không ngừng phát triển, Hải quan có nhiệm vụ giám sát, quản lý, đôn đốc việc thi hành chính sách, thể lệ, thủ tục XNK hàng hóa. Trong đó, ngành Hải quan đã từng bước hoàn thành việc xây dựng các thủ tục, thể lệ và tổ chức thực hiện nghiêm chỉnh các thủ tục, thể lệ đó; chấn chỉnh tổ chức… Có thể nói, việc thành lập Sở Hải quan Trung ương thay thế cho ngành Thuế XNK cùng với nhiều văn bản pháp quy chuyên ngành về linh vực hải quan đã góp phần phục vụ chính sách quản lý ngoại thương, ngoại hối, góp phần khôi phục, phát triển kinh tế ở miền Bắc và đấu tranh thống nhất nước nhà.

Xuất phát từ yêu cầu chung, Bộ Công Thương giao Sở Hải quan Trung ương chủ trì tiến hành dự thảo Điều lệ Hải quan và ngày 27/2/1960 Chính phủ ban hành Điều lệ Hải quan. Đây là văn bản pháp quy tương đối hoàn chỉnh đầu tiên về các luật lệ, thủ tục hải quan của Nhà nước ta được công bố, đánh dấu bước phát triển mới của Hải quan Việt Nam. Điều lệ Hải quan đã hoàn chỉnh thêm một bước về hệ thống văn bản pháp quy, đánh dấu bước chuyển biến quan trọng của hoạt động hải quan, từ hoạt động phân tán thiếu sự chỉ đạo thống nhất sang hoạt động chính quy. Đặc biệt, những nội dung cơ bản của Điều lệ là cơ sở pháp lý đảm bảo cho công tác hải quan và cho việc xây dựng các văn bản pháp quy cao hơn của giai đoạn sau.

Một lần nữa, để phù hợp với cơ cấu tổ chức chung, ngày 17/6/1962, Bộ Ngoại thương ban hành Quyết định số 490/BNT-QĐ đổi tên Sở Hải quan trung ương thành Cục Hải quan trung ương.

Năm 1965 cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước của nhân dân ta bước vào một thời kỳ mới. Lúc này, mọi hoạt động chuyển hướng phù hợp với điều kiện chiến tranh và đảm bảo đúng pháp luật, duy trì nề nếp chính quy của từng khâu nghiệp vụ nhằm tạo đà cho việc xây dựng ngành Hải quan lâu dài. Có thể nói, trong sự nghiệp chống Mỹ cứu nước của dân tộc, lực lượng Hải quan Việt Nam không chỉ đóng góp mồ hôi công sức mà còn cống hiến cả tuổi thanh xuân của mình. Nhiều cán bộ hải quan đã ngã xuống trong khi làm nhiệm vụ để bảo vệ hàng hóa, tài sản của Nhà nước được an toàn.